As denominações de confissão evangélica chegaram ao Brasil no final do século XIX, trazendo consigo um projeto educacional como desdobramento do seu intento missionário. Como característica comum, havia o fato de terem se originado no movimento de imigração de norte-americanos, ocorrido durante e após a Guerra Civil, com exceção dos luteranos, originários predominantemente da Alemanha. Isoladamente, essas diferentes frentes missionárias empreenderam várias iniciativas educacionais que culminaram na criação de redes denominacionais de ensino.

Posteriormente, essas redes criaram iniciativas para promover o compartilhamento de experiências pedagógicas entre suas instituições, a sinergia dos recursos e a representatividade perante o poder público e a sociedade. A organização dessas iniciativas se deu com a criação da ABIEE.

Em junho de 2000, o Conselho Geral das Instituições Metodistas de Ensino – COGEIME, lançou a proposta de constituição de uma entidade que congregasse, em nível nacional, todas as Instituições Educacionais Evangélicas.

A primeira reunião para avaliação e aperfeiçoamento da proposta aconteceu na UNIMEP, Piracicaba-SP. Durante o ano 2000 e os primeiros meses de 2001, trabalhou-se intensamente na proposta que culminou na primeira assembleia que foi realizada sede da Rede Sinodal – Departamento de Educação da IECLB, em São Leopoldo-RS em 3 de abril de 2001, quando foi fundada a Associação Brasileira de Instituições Educacionais Evangélicas – ABIEE para ser um importante espaço de congraçamento, capacitação,fortalecimento e representatividade das instituições de ensino evangélicas, junto da sociedade brasileira. A sede oficial da ABIEE localiza-se na cidade de Brasília-DF.